Средняя общеобразовательная школа № 44 г. Улан-Удэ была открыта в 1961 году согласно решению Исполкома Городского совета. Первоначально школа располагалась в двухэтажном деревянном здании.

В 1999 году был построен корпус начальной школы. В 2007 году было окончено строительство двухэтажного пристроя, который стал основным учебным корпусом после того, как деревянное здание школы было снесено по причине ветхости.

С 2011 года директором школы является Банзарханова Баярма Ламажаповна.